在第一集解决了毁灭钢眼博士后，神奇四侠已经逐渐适应了新的身份，队员们的生活亦过得有滋有味 。里德（尤安·格瑞福德 Ioan Gruffudd 饰）和苏珊（杰西卡·阿尔芭 Jessica Alba 饰）终于步入教堂，然而，正当婚礼进行到一半时，突然狂风大作，一道银 色闪电在天空闪过。 里德忙叫霹雳火（克里斯·埃文斯 Chris Evans 饰）追上去看过究竟，熟料霹雳火完全不是对方对手，里德的担忧变成了现实：新的敌人出现了――银影侠（道格·琼斯 Doug Jones 饰）！ 世界各地开始灾难不断。通过调查，苏珊发现银影侠只不过受行星吞食者盖拉克图斯所迫，帮其在宇宙寻找可供其吞食的星球，今次的目标正是――地球！神奇四侠又出动了，这次能否帮助可怜的银影侠、成功挽救地球？

挂着发明家、宇航员和科学家的头衔，李德理查兹博士可不是吃素的！最近，他一生的梦想即将被实现，他将启程踏上深入玄妙莫测外太空，进入宇宙风暴的中心地带，此行的目标将能顺利解除人类基因码之谜。这时候，政府的拨款大幅度减缩，眼看行程又将泡汤，好在他的大学同学，也是老对手，如今的亿万富翁维克托愿意为此出资。　　和李德同行的是他最好的朋友，本格里姆、苏斯托姆和苏斯托姆那个热血的弟弟强尼，苏同时也是维克托的基因研究小组负责人和李德的前女友。太空旅程似乎一帆风顺，直到李德发现自己计算错了迎面风暴的速度。就在那一瞬间，特殊射线和宇宙磁暴的辐射，不可避免的改变了他们的命运。　　本以为必死无疑的四人，却发现自己似乎毫发无损。然而，回到地球后，核爆的威力慢慢凸现了出来。不过，副作用没什么，倒是被迅速改变了DNA的四人，不但体质发生变化，还每人被赋予了别具一格的特殊超能力。李德成为神奇先生，苏成为隐身女侠，强尼变身为霹雳火，本则成为石头人，神奇四侠正式诞生，而四人将面对的挑战则是利用超能力完成看似不可能的任务打倒妄想毁灭地球的死亡博士