The warped misadventures of a former boy genius turned washed-up, middle-aged mad scientist Dr. Rusty Venture; his moronic teenage sons; their maniac bodyguard; and the Doctor's arch-nemeses, incompetent super villain The Monarch and his masculine paramour, Dr. Girlfriend. Written by Jojo Mac

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆李琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

故事发生在古代的南美洲一个帝国。这个帝国年轻的国王Kuzco虚荣心极重，为了大肆庆祝自己十八岁的生日，他决定在帝国首都附近的一座山上建立一座宫殿。山上世代在此生活的居民一时陷入了困境，村民Pacha来到皇宫请求Kuzco考虑下当地居民的处境，收回成命，但遭到Kuzco一口回绝。 于此同时，邪恶女祭司Yzma准备投毒杀害Kuzco夺取王位，但她的跟班Kronk搞错了毒药，误将变身药给了Kuzco吃。于是，Kuzco变成了一头骡马，并阴差阳的错上了Pacha的车去了山上的村庄。Yzma得知后，对Kuzco展开了一系列追杀，而Kuzco也在Pacha等人的帮助下展开了反击！